Arrêt maladie : indemnités limitées à un an dès le 15 octobre pour les ALD non exonérantes

À partir du 15 octobre 2026, les indemnités journalières d’un arrêt maladie long lié à une affection de longue durée (ALD) non exonérante ne seront plus versées que pendant un an maximum, contre trois ans jusqu’ici.

Cette règle résulte du décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026, publié au Journal officiel le 18 septembre 2026. Elle ne concerne pas toutes les ALD : les ALD exonérantes, prises en charge à 100 % pour les soins liés à l’affection, gardent un plafond de trois ans.

Ce qui change pour un arrêt maladie long #

Une ALD, ou affection longue durée, correspond à une maladie nécessitant des soins prolongés ou une interruption de travail importante. La reconnaissance de cette affection et le versement des indemnités journalières sont deux sujets différents : l’ALD ne disparaît pas parce que le plafond d’indemnisation évolue.

Le décret modifie l’article R. 323-1 du Code de la Sécurité sociale. Pour une ALD non exonérante, la durée maximale de versement des indemnités journalières par l’Assurance maladie passe à un an. Cette durée est appréciée sur une période de référence de trois ans.

Un second texte, le décret n° 2026-867, applique la même règle aux travailleurs indépendants, aux ministres des cultes, aux fonctionnaires de l’État et aux magistrats. L’enjeu financier n’est pas marginal : selon les données reprises par Egora, ces ALD non exonérantes ont représenté 401 000 arrêts et 3,17 milliards d’euros d’indemnités en 2023.

ALD exonérante ou non exonérante : quelle différence ? #

Une ALD exonérante ouvre droit à une exonération du ticket modérateur pour les soins liés à l’affection. Autrement dit, la participation habituellement laissée à la charge de l’assuré est supprimée ou limitée dans les conditions prévues par les textes. Certaines affections graves ou nécessitant des soins coûteux peuvent relever de cette catégorie.

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La durée maximale de versement des indemnités journalières reste fixée à trois ans pour ces ALD exonérantes, sous réserve des conditions habituelles.

Une ALD non exonérante concerne une affection qui nécessite un arrêt ou des soins dont la durée prévisible dépasse six mois, sans prise en charge des soins à 100 % au titre de l’ALD. Les soins restent donc remboursés aux taux habituels.

Un syndrome dépressif après un deuil ou une fracture de l’épaule compliquée d’une infection peuvent illustrer ce type de situation, selon l’évaluation médicale et administrative du dossier. Le diagnostic seul ne suffit pas : la décision dépend de la reconnaissance de l’affection et de son lien avec l’arrêt.

Sont concernés les salariés atteints d’une « affection longue durée mais qui n’est pas prise en charge à 100 % ».
— Code du travail numérique (ministère du Travail), 18 septembre 2026

Et moi concrètement, suis-je concerné ? #

Posez-vous trois questions : votre affection est-elle non exonérante ? Quand l’arrêt a-t-il été prescrit ? Votre incapacité atteint-elle six mois après le 15 octobre 2026 ?

• Arrêt prescrit à partir du 15 octobre 2026 : la limite d’un an s’applique si l’arrêt relève d’une ALD non exonérante.
• Arrêt en cours au 15 octobre 2026 : le nouveau régime peut s’appliquer si l’incapacité atteint six mois après cette date.
• Reconnaissance déjà acquise au 15 octobre 2026 : l’ancien plafond de trois ans reste applicable jusqu’au terme de la période prévue.
• ALD exonérante : la réforme ne ramène pas le plafond à un an ; il reste fixé à trois ans.

La date de prescription ne suffit donc pas toujours. Il faut aussi regarder la date de début de l’incapacité, la reconnaissance de l’ALD et la décision de l’Assurance maladie.

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Ce qui a déjà changé le 1er septembre #

Le plafond d’un an n’arrive pas seul. Depuis le 1er septembre 2026, un médecin, un dentiste ou une sage-femme ne peut plus prescrire un premier arrêt de plus de 31 jours, ni une prolongation de plus de 62 jours, sauf si l’état de santé du patient le justifie. Le motif de l’arrêt doit aussi figurer sur la prescription. Les arrêts déjà en cours au 1er septembre ne sont pas touchés (Code du travail numérique).

Et depuis le 19 septembre 2026, le décret n° 2026-866 permet aussi à l’Assurance maladie de sanctionner un assuré qui obtient un arrêt injustifié, après une procédure contradictoire.

Après un an d’indemnités, que se passe-t-il ? #

Lorsque le plafond est atteint, l’Assurance maladie ne verse plus d’indemnités journalières au titre de la même affection dans cette période. Cela ne signifie pas automatiquement que l’ALD cesse ni que la reprise du travail intervient immédiatement.

Pour rouvrir une nouvelle période d’indemnisation d’un an au titre de la même maladie, il faut avoir repris le travail pendant au moins un an. Entre-temps, la situation professionnelle et financière doit être examinée avec les interlocuteurs compétents : employeur, médecin du travail, caisse d’assurance maladie ou service social.

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Selon le dossier, une reprise à temps partiel pour motif thérapeutique, une reconnaissance d’invalidité, un aménagement du poste ou un reclassement peuvent être étudiés. Aucun de ces dispositifs ne découle automatiquement de la fin des indemnités journalières.

Le montant des indemnités change-t-il ? #

La réforme porte sur la durée de versement, pas sur le mode de calcul de l’indemnité journalière. Le texte ne transforme donc pas, à lui seul, le montant quotidien versé pendant la période où les droits restent ouverts.

Le complément éventuellement versé par l’employeur ou une prévoyance relève d’autres règles. Il faut donc distinguer les indemnités de l’Assurance maladie, le maintien de salaire et les garanties complémentaires.

Les démarches à effectuer #

• Vérifiez si votre ALD est exonérante ou non exonérante.
• Notez la date de prescription de l’arrêt et celle du début de l’incapacité.
• Consultez votre compte Ameli ainsi que les courriers de la CPAM.
• Demandez à votre caisse une confirmation écrite de la durée prévisible de vos droits.
• Conservez les prescriptions, prolongations, accords et notifications reçues.
• Prévenez votre employeur selon les règles habituelles et vérifiez les justificatifs demandés.
• Anticipez la fin possible des indemnités avec le médecin du travail, le service social de l’Assurance maladie et votre prévoyance.

En cas de désaccord, commencez par demander une explication détaillée à la CPAM. La notification indique la procédure de contestation, les délais et l’organisme à saisir, notamment la commission de recours amiable lorsque cette voie est prévue. Un recours ne garantit pas le maintien des versements pendant son examen.

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Ce qui est seulement en discussion pour 2027 #

La limite d’un an pour les ALD non exonérantes est actée par décret. Tout ce qui suit relève encore du débat budgétaire : rien n’est voté, et le détail du budget de la Sécurité sociale (PLFSS 2027) est attendu le 1er octobre.

• 2 milliards d’euros d’efforts : c’est l’objectif annoncé par le Premier ministre Sébastien Lecornu dans un entretien au Figaro mi-septembre, sans détail à ce stade (MoneyVox/AFP). Le gouvernement évoque une fiscalisation de certaines indemnités aujourd’hui exonérées d’impôt sur le revenu.
• Des jours de carence « d’ordre public » : le 22 septembre sur France 2, le président du Medef, Patrick Martin, a proposé des jours d’arrêt que ni la Sécu, ni l’employeur, ni la complémentaire ne pourraient indemniser. Nous détaillons cette piste dans notre article consacré à la proposition du Medef sur les arrêts courts.
• Faire payer les premiers jours aux entreprises : un rapport remis au gouvernement le 23 septembre par Élisabeth Hubert, Franck von Lennep, Nicolas Bouzou et Stéphane Junique recommande d’étudier ce transfert, remboursé ensuite par les organismes de prévoyance. Il rappelle que les indemnités maladie sont passées de 7,7 milliards d’euros en 2016 à 12,1 milliards en 2025, soit +57 % (Boursorama/AFP).

Pour mémoire, le délai de carence reste aujourd’hui de 3 jours dans le privé et de 1 jour dans la fonction publique. Pour un accident du travail, les règles sont différentes : voir notre point sur le jour de carence en cas d’accident du travail.

Questions fréquentes #

Article d’information générale, à jour au 25 septembre 2026. Il ne remplace ni l’avis de votre médecin, ni la notification de votre caisse d’assurance maladie.

Sources : décret n° 2026-866 (Légifrance) · Code du travail numérique · LégiSocial · Egora.